多式联运存在一些不容忽视的缺点。首先在价格方面，多式联运涵盖多种运输方式，不同运输环节的成本相互叠加。比如铁路运输、公路运输、海运、空运等，每种运输方式都有其自身的收费标准，像海运有海运运费、港口装卸费等，公路运输有路桥费、车辆运营成本等，多种费用累加起来，往往会使多式联运的整体价格高于单一运输方式。而且由于不同运输方式的市场定价机制不同，协调难度大，可能导致价格波动较大，难以精准预估，给企业的成本控制带来挑战。

其次是流程复杂。多式联运需要协调多个运输主体，从起运地的货物接收、不同运输方式的衔接、中转地的货物换装到目的地的交付，每个环节都需要多方沟通与配合。例如，当需要海陆联运时，要协调海运公司和陆运车队，涉及运输时间的匹配、货物的装卸衔接等，任何一个环节出现问题都可能影响整个运输流程，容易出现延误情况，而且流程中的沟通成本较高，需要花费大量精力去协调各方，增加了操作的复杂性。

再者是资料方面。多式联运涉及多种运输方式，就需要准备多种对应的运输资料。比如海运需要提单、报关单等，陆运需要运单、路单等，空运需要空运单等，不同的资料有不同的格式和要求，企业需要确保各种资料的齐全和准确，稍有疏漏就可能导致运输受阻。而且资料的准备和传递过程中容易出现错误，比如单据填写错误、资料遗漏等，这会给运输过程带来不必要的麻烦，增加了资料管理的难度。

总体而言，多式联运虽然有其优势，但在价格、流程、资料等方面存在的缺点也需要企业充分重视，在实际操作中要积极应对这些问题，以更好地发挥多式联运的作用。