在上海进行代理出口退税申请，需明晰流程、准备资料并了解相关价格情况。首先是流程方面，委托方与代理方签订代理出口协议后，委托方要准备好出口货物报关单（海关签发的正规单据）、增值税专用发票（抵扣联且内容真实完整）、代理出口货物证明申请表、外汇收入核销单（部分地区可能简化但需相关到账证明）、销售发票等资料。代理方收到资料后整理审核，接着通过电子税务局等系统录入退税申报数据并提交给税务机关。税务部门会对申报资料进行审核，审核内容包括出口业务真实性、单证一致性等，若审核通过，退税款会退至委托方指定账户。

所需资料中，出口货物报关单是货物实际出口的关键凭证，必须准确无误；增值税专用发票是货物购进价值的证明，需真实有效；代理出口协议明确双方代理关系；外汇收入核销单虽部分简化但仍可能需相关证明；销售发票是出口销售业务的凭证。

关于价格，上海代理出口退税机构收费因出口金额、业务复杂程度而异。一般而言，出口金额较小、业务简单的情况，收费约为出口额的1%；出口金额较大、业务复杂需多环节审核的，收费可能达出口额的3%左右，具体需委托方与代理机构协商确定服务内容与对应费用。

企业在进行上海代理出口退税申请时，要严格按照流程操作，准备好各项资料，同时与代理机构明确价格等事宜，以保障退税申请顺利进行，及时获取应退税款，促进企业出口业务的顺利开展。